重庆市中医院是集医疗、教学、科研和预防保健为一体的大型三级甲等中医院，是卫生部国际紧急救援中心网络医院、国家爱婴医院、国家药物临床试验机构和省级重点中医院建设单位。2012年医院成为北京中医药大学非直属附属医院，步入了新的发展阶段。
    医院现分江北南桥寺院部和渝中区道门口院部，占地163亩，建筑面积12.1万平方米，三期工程规划建筑面积7.5万平方米。现编制床位1800张，开放床位2100张，临床科室30个，医技科室9个。年门诊量175万人次，年出院病人约6万人次。有国家临床重点专科5个（皮肤科、针灸科、肿瘤科、肾病科、护理学），国家中医药管理局重点建设学科1个（中医皮肤学科）；国家中医药管理局重点专科及建设培育项目10个（皮肤科、针灸科、肿瘤科、肾病科、妇科、脑病科、肛肠科、骨伤科、肝病科、护理学）；国家中医药管理局重点研究室1个（湿疹中医外治法重点研究室）、二级实验室2个（生化实验室、免疫微生物实验室）；卫生部诊断鉴定机构1个（化妆品皮肤病鉴定机构）；重庆市市级临床重点专科1个（麻醉科）；重庆市中医重点学（专）科12个（皮肤科、针灸科、肿瘤科、肾病科、妇科、脑病科、肛肠科、骨伤科、肝病科、风湿病科、儿科、眼科），重庆市中西医结合医疗中心3个（中西医结合皮肤病防治中心、中西医结合脑血管病康复治疗中心、颈腰腿痛治疗中心）；重庆市医疗质量控制中心2个（皮肤科医疗质量控制中心、美容皮肤科医疗质量控制中心）；院内研究所3个（皮肤病研究所、针灸研究所、古验方与中药制剂研究所）；是重庆市中医特色诊疗工程技术中心、重庆市院士专家工作站、全国中医药传承博士后工作站、重庆市博士后科研工作站（针灸、皮肤）、重庆市中医护理临床技术指导中心。医院设有中国中医药文献检索中心重庆分中心、全国针灸临床中心重庆分中心，办有《中国中医急症》杂志。重庆市中医药学会、重庆市中西医结合学会、重庆市针灸学会和重庆市中医药行业协会均挂靠在医院。
    医院现有职工2500余人，其中高级职称315人，国医大师1人，国务院特殊津贴专家7人，全国名老中医药专家传承工作室专家11人，专业技术二级岗位1人，重庆市级学术技术带头人3人，市级名中医24人，院级名中医10人，国家和省级师带徒导师16人，硕博士391人，硕士研究生导师39人。
    医院拥有大型数控放疗系统、1.5T核磁共振（3台）、64排和16排螺旋CT（共3台）、直接数字化放射成像系统、1000毫安多功能数字X光机、乳腺X射线摄影系统、全自动生化、彩超等大型医疗设备200余台，医疗设备总值3亿多元。
    医院先后获国家各级科技成果奖130多项，其中“一种治疗更年期综合征的中药复方制剂及制备方法”获中华中医药学会科技发明一等奖。医院研制了参麦注射液、丹桃合剂、降糖丸、更年宁心胶囊等多个国家新药。研制了工艺独特、安全有效的院内制剂300余种。目前承担省部级和重庆市卫生局建设项目和科研项目80多个。
    医院先后荣获全国五一劳动奖状、全国创先争优先进基层党组织、全国文明单位、全国精神文明建设先进单位、全国卫生系统先进集体、全国中西医结合先进单位、卫生部抗震救灾先进集体、中华全国总工会工人先锋号、全国中医药应急工作先进集体、全国中医医院优质护理服务先进单位、国家卫计委雅安芦山抗震救灾工作突出单位、重庆市群众满意的医疗卫生机构、重庆市白求恩精神示范医院、重庆市中医药产业发展突出贡献单位、重庆市职工职业道德建设标兵单位、重庆市园林式单位等荣誉80多项。医院创先争优工作得到各级领导的充分肯定，2010年12月6日，时任中共中央政治局常委、中央书记处书记、国家副主席习近平视察了医院，勉励医院继续努力，把工作做得更好。